Degut a la naturalesa mixta de la gestió del MBCN s’ha de distingir entre les col•leccions de titularitat municipal, les que són propietat de l’Associació MBCN i els dipòsits permanents. Totes elles tenen el mateix tractament museològic i es regeixen pel mateix reglament:
Col·lecció Guillem Colom Està formada per un nombre elevat de preparacions micropaleontològiques (ca. 20.000), especialment de foraminífers de diverses procedències, principalment de jaciments de Balears. També hi ha una representació de foraminífers actuals, principalment del Mediterrani, així com de mostres preparades per al seu estudi i una col•lecció de preparacions de làmina fina. La documentació està formada per una extensa biblioteca, principalment sobre micropaleontologia... [+]
Col·lecció Juan Bauzá Esta formada per un nombre elevat d’exemplars fòssils (ca. 30.000) de Balears i d’altres procedències. A la col•lecció hi ha representat el registre fòssil de les Balears, des del Carbonífer fins el Quaternari amb especial atenció als peixos fòssils... [+]
Col·lecció William Waldren
Composa aquesta singular col•lecció un nombre important de restes fòssils de Myotragus balearicus Bate, un arctiodàctil endèmic de les Balears que s’extingí coincidint amb el poblament humà de l’arxipèlag. El titular de la col•lecció és el DAMARC (Museu de Deià que fundà el Dr. Waldren) i es troba en situació de dipòsit ...
Col·lecció general Aquesta col•lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col•leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions... [+]