Debido a la naturaleza mixta de la gestión del MBCN se debe distinguir entre las colecciones de titularidad municipal, las que son propiedad de la Associació MBCN y los depósitos permanentes. Todas tienen el mismo tratamiento museológico y se rigen por el mismo reglamento:
Colección Guillem Colom Está formada por un número elevado de preparaciones micropaleontológicas (ca. 20.000), especialmente de foraminíferos de diversas procedencias y, principalmente, de yacimientos de Baleares. También hay una representación de foraminíferos actuales, principalmente del Mediterráneo... [+]
Colección Juan Bauzá Está formada por un número elevado de ejemplares fósiles (ca. 30.000) de Baleares y de otras procedencias. En la colección está representado el registro fósil de las Baleares, desde el Carbonífero hasta el Cuaternario con especial atención a los peces fósiles. Un apartado de la colección se dedica a los otolitos de peces actuales, para estudios de comparación... [+]
Colección William Waldren
Compone esta singular colecciónun número importante de restos fósiles de Myotragus balearicus Bate, un artiodáctilo endémico de las Baleares que se extinguió coincidiendo con el poblamiento humano del archipiélago. El titular de la colección es el DAMARC ...
Colección general Esta colección reúne todos los materiales generados por el Museo desde su fundación así como las colecciones donadas o depositadas por investigadores independientes o por otras personas o instituciones... [+]