Die im Jahr 2002 eröffnete, paläontologische Ausstellung »Fossilien – ein Blick in die Vergangenheit« zeigt mehr als 1000 Fossilien aus den Balearen und Europa im Zusammenhang mit der Erdgeschichte der Balearen als Schauplatz. Dreidimensionale Darstellungen und interaktive Einheiten, die über das Internet zugänglich sind, ermöglichen einen virtuellen Besuch und den Zugriff auf eine Reihe von Aktivitäten. Der größte Teil des paläontologischen Materials entstammt der Sammlung Juan Bauzá, die ebenfalls im Museum untergebracht ist.