La història de les exposicions al museu es remunta a l’any 1992 quan, després de la reforma de l’edifici es va dur a terme la primera adaptació a la funció de museu. Des d’aquell moment, de forma periòdica i també permanent el Museu Balear de Ciències Naturals ha presentat un ampli conjunt d’exposicions de temàtica diversa, amb les Illes Balears com a escenari principal.