Diverses línies d’investigació es duen actualment a terme en col·laboració amb el Museu Balear de Ciències Naturals. Aquests estudis, realitzats per col·laboradors externs amb el suport institucional del MBCN comprenen diferents camps de la recerca en Història Natural: faunística i taxonomia d’invertebrats, flora micològica, espeleologia i bioespeleologia, estudis sobre els carst, micropaleontologia, paleoictiologia, documentació històrica, cartografia biològica, etc. Alguns dels estudis es fan en col·laboració amb altres institucions nacionals i internacionals. D’altra banda, els fons del museu són també objecte fonamental d’estudi com a tasca complementària a la seva catalogació i conservació.