Col·lecció Juan Bauzá Rullan
Està formada per un nombre elevat d’exemplars fòssils (ca. 35.000) de Balears i d’altres procedències. A la col·lecció hi ha representat el registre fòssil de les Balears, des del Carbonífer fins el Quaternari amb especial atenció als peixos fòssils. Un apartat de a col·lecció es dedica als otòlits de peixos actuals, per a estudis de comparació.
La documentació de la col·lecció inclou una biblioteca especialitzada, amb obres clàssiques i treballs antics sobre paleoictiologia, diverses col·leccions de revistes així com tots els treballs publicats pel titular de la col·lecció, a més d’un fitxer manual de bibliografia i de la col·lecció. La col·lecció, de titularitat municipal, inclou material tipus pendent de revisió.
Altres Col·leccions
Col·lecció general
Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions.
Col·lecció Guillem Colom Casasnovas
Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions.
Col·lecció William Waldren
Aquesta singular col·lecció està formada per un nombre important de restes fòssils de Myotragus balearicus Bate, un arctiodàctil endèmic de les Balears que s’extingí coincidint amb el poblament humà de l’arxipèlag.