Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la   seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions. També es va incrementant dia a dia amb les aportacions que fan regularment els naturalistes i col·laboradors científics del Museu o que es generen gràcies a diferents projectes. El catàleg de la col·lecció general també engloba el material de les altres col·leccions en un sistema de registre únic.