Col·lecció William Waldren
Aquesta singular col·lecció està formada per un nombre important de restes fòssils de Myotragus balearicus Bate, un arctiodàctil endèmic de les Balears que s’extingí coincidint amb el poblament humà de l’arxipèlag. El titular de la col·lecció és el DAMARC (Museu de Deià que fundà el Dr. Waldren) i es troba en situació de dipòsit permanent al Museu Balear de Ciències Naturals per a la seva correcta conservació. Tot el material, actualment en procés de tractament museològic i catalogació, procedeix de les excavacions realitzades per William Waldren i col·laboradors a la cova de Muleta (Sóller, Mallorca; Illes Balears). Es tracta de l’aplec de restes fòssils de Myotragus balearicus Bate més important del món pel que fa al nombre d’exemplars que conté.
Altres Col·leccions
Col·lecció general
Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions.
Col·lecció Juan Bauzá Rullan
Està formada per un nombre elevat d’exemplars fòssils (ca. 35.000) de Balears i d’altres procedències.
Col·lecció Guillem Colom Casasnovas
Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions.