Colección Guillem Colom Casasnovas
Está formada por 17.000 preparaciones micropaleontológicas, especialmente de foraminíferos de diversas procedencias, en su mayoria de yacimientos de las Islas Baleares. Además, cuenta con una representación de foraminíferos actuales, principalmente del Mediterráneo, así como muestras listas para su estudio y una colección de preparaciones de lámina fina.
El fondo documental está formado por una extensa biblioteca donde predomina la micropaleontología, aunque también incluye numerosas obras sobre geología e historia natural general, así como colecciones de revistas especializadas; además, un importante conjunto de la correspondencia científica del titular de la colección, así como ejemplares de sus propias obras y artículos; series de dibujos y láminas de trabajos originales, científicos y divulgativos sobre geología, micropaleontología e historia natural; placas fotográficas de fotomicrografías; fichas sistemáticas y bibliográficas, así como cuadernos de campo. La colección, de titularidad municipal, incluye material tipo.
Altres Col·leccions
Col·lecció general
Aquesta col·lecció reuneix tots els materials generats pel Museu des de la seva fundació així com les col·leccions donades o dipositades per investigadors independents o per altres persones o institucions.
Col·lecció Juan Bauzá Rullan
Està formada per un nombre elevat d’exemplars fòssils (ca. 35.000) de Balears i d’altres procedències.
Col·lecció William Waldren
Aquesta singular col·lecció està formada per un nombre important de restes fòssils de Myotragus balearicus Bate, un arctiodàctil endèmic de les Balears que s’extingí coincidint amb el poblament humà de l’arxipèlag.